Sang năm tiếp theo, Philippos đã quay lại với công việc tái tổ chức lại Macedonia. Justin thuật lại rằng sau khi quay trở về Macedonia, ông đã bắt đầu cho di dời một lượng lớn cư dân tới những địa điểm mới, đặc biệt là tăng thêm dân số cho các thành phố của Macedonia.[149] Điều này có thể là nhằm tăng cường đảm bảo mật độ dân số và thúc đẩy thương mại; Alexandros Đại đế sau này đã nhắc lại rằng cha của ông ta đã đưa "người Macedonia từ vùng đồi núi xuống đồng bằng".[149]

Illyria (345 TCN)

Philippos tiếp đó tiến hành chiến dịch chống lại người Illyri, đặc biệt là nhằm vào Pleuratos, vương quốc Taulantii của ông ta nằm dọc theo sông Drin ở Albania ngày nay[149] và là thế lực chủ chốt ở Illyria sau khi Grabos bị đánh bại. Trong chiến dịch này, Philippos đã bị gãy xương chày và chỉ được cứu sống nhờ vào sự dũng cảm của lực lượng Chiến hữu kỵ binh (150 người trong số đó đã bị thương trong chiến dịch này). Philippos đã không tiến hành chiến dịch vào năm 344 hoặc 343 TCN, điều này có thể là do ảnh hưởng của vết thương nặng ở trên.[150] Thay vào đó, Philippos lại tự hài lòng với việc tái tổ chức lại Thessaly vào năm 344 TCN, ông đã phục hồi lại hệ thống chính quyền "Tứ đầu chế" cổ xưa.[150]

Sau chiến dịch này, bộ lạc Dardanii dưới sự cai trị của người con trai của Bardylis là Cleitos đã trở thành một chư hầu của Philippos.[31] Bộ lạc Grabaei chiến bại trước đó cũng như có lẽ cả người Ardiaei và Autariatae thường được coi là các chư hầu của Philippos, mặc dù vậy bằng chứng cho điều này lại không chắc chắn.[31] Người Taulantii có lẽ cũng đã bị đánh đuổi khỏi khu vực biên giới của Dassaretia,[151] thế nhưng sau một trận chiến ác liệt chống lại Philippos, họ vẫn giữ được sự độc lập ở khu vực bờ biển Jonic.[31]

Molossia và Cassopaea (342 TCN)

Vương quốc Molossia ở Ipiros là một đồng minh lệ thuộc quan trọng của Macedonia từ năm 350 TCN khi người con trai của vua Arybbas, Alexandros trở thành con tin của Philippos. Trong thời gian lưu lại triều đình của ông, Alexandros (em trai của Olympias, người vợ của Philippos) đã dần dần trở thành một người ngưỡng mộ Philippos và do đó Philippos quyết định lật đổ Arybbas và thay thế bằng Alexandros. Thời điểm chính xác của sự kiện này lại không rõ ràng; Cawkwell đề xuất rằng nó diễn ra vào đầu năm 342 TCN khi đó Alexandros mới 20 tuổi và là một sự kiện mở đầu cho chiến dịch Thracia của ông. Arybbas sau đó lưu vong tới Athens và người Athens hứa giúp ông ta khôi phục lại vương quốc của mình; tuy nhiên Alexandros vẫn sẽ trị vì (và trung thành với Philippos) cho tới lúc qua đời vào năm 334 TCN.[152] Philippos chắc chắn đã tiến hành chiến dịch chống lại người Cassopaea ở Ipiros vào đầu năm 342 TCN, ông đã nắm quyền kiểm soát 3 thành phố để nhằm đảm bảo các vùng đất phía nam của vương quốc.[152]